祁连山地处我国西北内陆，降水较少。东段北坡的自然带自山麓到山顶依次为荒漠带、山地草原带、山地森林草原带、山地灌丛草原带、高山亚冰雪稀疏植被带，东段南坡的自然带自山麓到山顶依次为草原带、山地森林草原带、高山灌丛草原带、高山亚冰雪稀疏植被带，西段北坡的自然带自山麓到山顶依次为荒漠带、高山草原带、高山亚冰雪稀疏植被带，西段南坡的自然带自山麓到山顶依次为荒漠带、山地草原带、高山草原带、高山亚冰雪稀疏植被带。