清朝晚期书院是国家的主要教育机构，大多数书院的都是为科举考试做准备。19世纪60年代以后洋务派创办了翻译学校、专业技术学校、军校等多种新型学堂，派出学生出国留学。洋务派还建议对科举考试加以改革，但由于守旧势力的反对未能如愿。维新运动时期，维新派创办了万木学堂等多所学堂，引进了西方自然科学和社会科学知识，引导学生学以致用。此间清政府颁布诏令，废除八股文，改书院为学堂，在京师创办京师大学堂，在各地设立中小学堂，各省选派学生出国留学。戊戌政变后除京师大学堂外而其它改革措施被废除。1903年清政府颁布章程鼓励自费、公费留学，1904年在全国范围内颁行《奏定学堂章程》，将学制分为初等、中等、高等教育三段，另有高级师范教育和实业教育两系统与此系统并行。1905年清廷颁布上谕废除科举考试，另外由于新式学堂发展迅速，原来由礼部兼管的教育行政事务，改由新成立的学部管理（学部为中央政府十一部之一），后又设立劝学所为府厅州县的教育行政机关，成为民国后各地教育局的前身。