3 . 番茄（两性花，2n=24）是重要的蔬菜作物，我国以鲜食为主。传统的番茄个头小、形状不规则、抗病性差。为提高番茄的产量，某科研基地育种专家利用纯合抗晚疫病（a基因控制）一室（果小，受b基因控制）和纯合不抗晚疫病（A基因控制）两室（果大，受B基因控制）两个品种培育出了抗晚度病两室新品种，基本流程如下图表示，请回答下列问题。
   
(1)此育种方式运用的遗传学原理是________________，一般从_______________代开始选择，从初次选出所需表型开始，让其自交并淘汰一室个体，一代后B基因的频率为_______________；在此过程中，该种群是否发生进化_______________，判断的依据是______________________________。
(2)如果想培育出抗病性更强的新品种，可采取物理或化学的方法处理番茄萌发的种子，诱导其发生基因突变，采用萌发种子而不是干种子的原因是_____________。
(3)由于一直以来育种过程过于注重产量、外观等性状的选择，导致包括调控风味品质的基因在内的部分基因丢失，造成多种风味物质的含量在现代番茄品种中显著降低，此过程中番茄种群的_______________多样性也降低。
(4)随着科学技术发展，科学家对番茄的_______条染色体上的DNA进行基因组测序，以研究与风味有关的基因位点及序列信息，进一步通过基因编辑得到风味好的新品种。目前科学家用CRISPR/Cas 9系统对番茄细胞进行基因组编辑，作用机理如下图所示。

   
使用该技术，除需要向要进行基因编辑的细胞中加入人工合成的短链RNA作向导，还需加入一种来自细菌的核酸酶Cas9，请分析短链RNA可作为向导的原因是_______________，请据图推测核酸酶Cas9的具体作用是_______________________________。