德川幕府实行锁国政策的主要目的，是为了巩固和加强幕府的统治，维护封建的剥削制度。日本实行锁国政策，制止了西南大名利用海外贸易增强割据实力的倾向，巩固了德川幕府在全国的统治地位。

其次，全面禁止日本商人出海进行贸易，切断了国内商业资本与海外市场的直接联系，抑制了商品经济的发展，使小农经济免受冲击，以维护封建的剥削制度。

再次，在日本的历史上，被压迫的群众曾以宗教为旗帜进行过武装暴动，由此可根除宗教在日本农民中的影响，巩固自己的统治地位。