鸦片战争前，清政府的外交事务主要由礼部和理藩院兼理。

鸦片战争后，清政府设立“五口通商大臣”，由两广总督或两江总督兼任，专门管理对外通商、交涉事宜。

1862年，清政府正式设立“总理各国事务衙门”，总理大臣由皇帝指派，其职权范围主要是管理外交，并经管通商、海防、军务、关税等事务。其下属的南洋大臣、北洋大臣由两江总督、直隶总督兼任。

1901年，清政府将总理衙门改制为外务部。

1903—1905年，清政府设立商部、学部、巡警部，打破了自隋唐以来传统的六部建置。

1906—1911年，进行官制调整，设吏、学、民政、度支、农工商、陆军、法部、礼部等部，后增设海军部。以上各部成为以后北洋政府国务院政府机构的基本框架。部下设司，司下设科，完成了近代体制的改革。

长期以来，中国并没有西方护照之概念，护照一词虽然最早在《尼布楚条约》中出现，也只是政府为商人开具的一种集体信函。而且从保存的资料看，主要是为俄国商人入境所用，很少看到中国商人出境。到了近代，国门大开，外国人不用检查直入中国口岸。1858年出现了一种奇特的内地护照，《天津条约》规定外国人赴内地“执照由领事馆发给，由地方官盖印。经过地方，如饬交出执照，应可随时呈验，无讹放行……如其无照，其中或有讹误，以及有不法情事，就近送交领事官惩办，沿途只可拘禁不可凌虐。”